
У актера есть две дочери, но официально он не был женат. Артист активно участвует в их воспитании. В 2000-х Юрий жил с Надеждой Маляровской – экономистом по образованию, впоследствии она стала заниматься элитной недвижимостью. В 2006 году у пары родилась дочка Таисия. Когда этот союз распался, девочка осталась с мамой.

Затем Колокольников был вместе с актрисой Ксенией Раппопорт. По слухам, чувства у артистов возникли в 2009 году. В 2011-м на свет появилась их дочь София. В 2014 году пара рассталась. Что стало причиной неизвестно, но Юрий сохранил дружеские отношения с Ксенией, а также с ее старшей дочкой – Аглаей Тарасовой.
Артист обожает обеих своих дочерей. Колокольников признавался, что как только у него появляется свободная минута, он старается проводить время с ними. Девочки дружат между собой. Юрий рассказывал, что они очень похожи друг на друга, но при этом совсем разные по характеру.
«Воззрение у меня такое, что я, в общем, не знаю, как воспитывать детей. Папа ассоциируется с полным балдежом – наверное, в основном это мой метод. Но что поделать – дочки, как с ними не балдеть! Поэтому воспитатель из меня, честно говоря, никакой», – делился актер.

В 2017-м Колокольникову приписывали роман с петербургской моделью и певицей Даяной Рамос Лафорте. Артист выходил с девушкой несколько раз в свет, больше прессе ничего не известно. В 2020 году возникли слухи о том, что Колокольников встречался с Агатой Муцениеце, его напарницей по сериалу «Крюк». Позже сама Агата опровергала эту информацию в интервью. Она делилась, что они с Колокольниковым искренне рассмеялись, когда узнали о таких разговорах.

В интервью нашему порталу в 2015 году актер рассуждал о чувствах и о женщинах: «Если любишь женщину, то на каком-то "животном" уровне. Непонятно, на что реагируют твои клетки. Это и биологическое, и химическое, и какие-то флюиды… Наверное, все почти как в природе – когда самцы и самки нюхают друг друга. Ты можешь любить женщину, у которой качества совсем "не твои". Или, наоборот, в женщине может не хватать каких-то качеств, которые ты ценишь, но ты ее любишь».
Вообще, чувства разные бывают. Я сторонник любви. Когда – раз! – и накрыло.
В 2021 году СМИ писали, что Юрия заметили в компании актрисы Александры Соловьевой. Девушка на 18 лет младше кинозвезды, каких-то еще подробностей этой истории в сети нет. Позже в число предполагаемых возлюбленных артиста вошла литовская актриса Вильма Кутавичюте, его партнерша по сериалу «Воскресенский». Занято ли сейчас сердце актера, по-прежнему остается загадкой.
«Мы все говорим о любви, но избегаем ее, стесняемся, прячемся за ширму. И понятно, почему. Любовь – это большие риски, как говорил Далай-лама. Потому что когда ты по-настоящему любишь, ты не бережешь себя», – говорил артист.